量子化学」カテゴリーアーカイブ

cshの動作がやけに遅い時は.historyファイルが肥大化しているかもしれない

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先日,rungms (GAMESSの実行スクリプト,cshで書かれている)の実行にも非常に時間がかかるようになってしまい非常に困っていた。問題の切り分けをおこなったところ,csh -c ‘echo OK’ を実行するだけでもcshのプロセスがCPUを100%占有し,10分以上かかることがわかった。

最初はcshのバグか何かかと思っていたが,何気なくhomeディレクトリを眺めていたらなんと.historyファイルが肥大化(約1GB)しておった。ということで,.historyファイルを削除したら問題が解決した。履歴の読み込み(検索?)にやたら時間がかかっていたようである。

たぶん,bashとかzshでも同じようにやたら遅い時は.bash_historyとか.zsh_historyを疑ってみるといいかもしれない。

こんな単純なことに1日も費やしてしまったよ…



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Mathematicaで生成したEPSファイルを文字化けせずにInkscapeに読み込ませる方法

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私は主にグラフ作成ツールとしてMathematicaを利用しているが,eps, pdf, svg, emf でベクトル画像を保存できる。

ベクトルグラフィックス形式—Wolfram言語ドキュメント

しかし,これがなかなかタコな実装のようで,Inkspaceに投げるとかなり崩れてしまう。画像はepsでの例だが,svgやemfでも酷いことになる。

Mathematicaで生成したepsをInkscapeに渡すと文字化けする

Mathematicaで生成したespをInkscapeに渡すと文字化けする


これでは学会発表用のA0ポスターが作れないではないか!

どうやら原因はフォントの文字化けのようである(少なくともepsでは)。
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GAMESSの911エラーはメモリ使用量の低減で解決

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GAMESSが標準出力に

DDI Process 0: shmget returned an error.
Error EINVAL: Attempting to create 2560000000 bytes of shared memory.
Check system limits on the size of SysV shared memory segments.

The file ~/gamess/ddi/readme.ddi contains information on how to display
the current SystemV memory settings, and how to increase their sizes.
Increasing the setting requires the root password, and usually a sytem reboot.

ddikick.x: application process 0 quit unexpectedly.
ddikick.x: Sending kill signal to DDI processes.
ddikick.x: Execution terminated due to error(s).

標準エラー出力に

DDI Process 0: error code 911
ddikick.x: Fatal error detected.
The error is most likely to be in the application, so check for
input errors, disk space, memory needs, application bugs, etc.
ddikick.x will now clean up all processes, and exit...

といったエラーを吐いて停止することがある。この場合はエラーに書いてあるとおりで,共有メモリが確保できなかったのが問題となっている。

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GAMESSのセマフォによるエラーを解決する(Linux)

GAMESSのDDIが上手いこと動作せずに異常終了すると,セマフォが解放されずに放置されることがある。全てのセマフォを使いきってしまうと新しくGAMESSを起動することができなくなるから,手動でセマフォを解放してやる必要がある。

セマフォを使い切ったときにGAMESSが標準出力に吐くエラーメッセージはこんな感じ。

DDI Process 0: semget return an error.
semget errno=ENOSPC -- check system limit for sysv semaphores.

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torqueでジョブをqdelで削除できないときはrootで qdel -p [Job id] とする

job schedulerであるtorqueは,複数台のサーバー(ノード)をまとめてクラスターとし,qsubコマンドで登録したジョブを適切なノードに振り分けてくれる。障害発生時にその登録されたジョブが削除できなくてちょっと困ったのでメモ。
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Mathematicaで元素記号と原子番号の相互変換をする方法

Mathematicaには様々な科学的データも内蔵されている。
原子番号< ->元素記号の変換をしたいときは,ElementData関数で生成した変換リストを使うと便利。
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Gaussianの振動解析による振動モードの基準座標は加重座標ではない

GaussianのFreqキーワードを使うと,振動解析をおこなってくれる。

多くの教科書では,加重座標でそれぞれの振動モードにおける基準座標を表現しているが,Gaussianの出力に含まれる”normal coordinates”はカルテシアン座標で表示される。

しかも,Gaussianではカルテシアンで規格化されている。

値を見ればわかると思うが,換算質量(Reduced mass)も通常の計算方法とは異なるので注意が必要だ。

このあたりは
Vibrational Analysis in Gaussian
Vibrational Analysis in Gaussian (PDF)
に詳しい。

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DOIの逆引きができるサイト

Zoteroが自動的にPDFから論文情報を読み取れない時,論文情報の取得にDOIを良く使う。だが,ある論文のDOIを知るためには逆引きができないといけない。

で,逆引きは以下のサイトでできる。論文のページとか年とか著者とかのcitation情報からDOIを求める事ができる。

crossref.org : : free DOI guest search

DOIの生成には何かしらの決まりというかアルゴリズムがあるのだろうが,よくわからないのでcorssrefに頼りきりだ。この他にDOIの調べ方や作り方を知っている人がいたらぜひ教えて下さい。

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Gaussianで解析した振動モードをMathematicaでベクトル表示する

前回:Mathematicaで分子模型を3D画像としてプロットする方法 | PCと遊ぶ日々の記録で示したようにすればMathematicaで分子模型を表示できる。

GaussianにFreqオプションをつけると調和振動解析をおこなってくれるが,解析結果に含まれる固有ベクトル(振動モード)を可視化するために応用してみる。
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Mathematicaで分子模型を3D画像としてプロットする方法

Mathematicaは分子構造を記述するファイル形式の幾つかをサポートしており,ImportString関数を使って読み込んでやれば分子模型を表示できる。

具体的には以下のようにコードを書いてやれば良い。
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